Essa situaçao nao pode acontecer como descrita.
Isto pois a habilidade do Progenitus que o baralha no Deck do seu dono, é uma Static Ability que possui um efeito de substituiçao.
Por ser Static Ability nao pode ser alvo de um Stifle ou Trickbind, e sendo uma Static Ability, nao usa a stack, logo nao podes responder à habilidade com nada.
Assim que ele fosse para um cemiterio, ao inves disso é revelado e baralhado no deck, imediatamente.
Cumps