Easy as pie.
A habilidade do Emrakul que baralha o teu graveyard no deck, é uma Triggered Ability (começa por When, um dos indicativos de uma triggered ability).
Visto que é uma triggered ability (logo o shuffle só acontece quando o trigger resolve), a habilidade usa a Stack. Como tal podes responder a ela com instants ou habilidades. Como por exemplo, um Makeshift Mannequin, que ainda vai ver o Emrakul no grave, pois o Mannequin irá resolver antes do trigger.
That’s basically it.
No teu exemplo, assim que activas a habilidade do Fauna, descartando o Emrakul, o trigger dele dispara, é colocado por cima da habilidade da Fauna na Stack, respondes ao trigger com o Mannequin, o Mannequin resolve e tens um Emrakul na mesa com um Mannequin counter e uma triggered ability nova. De relevar que o trigger do Emrakul irá resolver à mesma depois disso (o trigger nao precisa dele no grave para resolver) e baralhas o teu Graveyard no Deck normalmente.
Este truque nao é possivel com cartas tipo o Progenitus, em que o Shuffle da carta no Deck é feito através de uma static ability (que nao usa a stack) com um replacement effect, ou seja, é shuffled imediatamente no deck em vez de bater no graveyard.
Cumps